«  Les frais de construction des routes nationales sont supportés par la Confédération et les cantons sur le territoire desquels elles se trouvent. La part des cantons est déterminée d'après les charges qui leur sont imposées par les routes nationales, leur intérêt à ces routes et leur capacité financière.»

Dans le cas de la Transjurane, le Conseil fédéral a fixé la part fédérale à 95% pour le canton du Jura et à 87% pour le canton de Berne.
En 1984, le premier devis de la Transjurane se montait à 1'450 milliards de francs, répartis à raison de 790 millions pour le tronçon jurassien et 660 millions de francs pour le tronçon bernois.
Au final, la Transjurane aura coûté près de 6,5 milliards de francs  : 4 milliards pour les 48 km jurassiens, 2.5  milliards pour les 37 km bernois.
Le devis de 1984, basé sur les prix de 1980, a donc été considérablement dépassé. L'augmentation du prix final par rapport aux devis initiaux n'est cependant pas le signe d'un manque de rigueur de la part des maîtres d'ouvrages. La raison est simple  : le projet de Transjurane tel que décidé en 1984 a bien évolué au cours des années.

À titre d'exemple  :
Le projet initial prévoyait la construction d'une semi-autoroute à trois voies, la voie centrale servant alternativement de voie de dépassement pour chacun des sens de circulation. Quant aux tunnels, ils devaient ne comporter qu'un tube de deux voies. Le projet réalisé compte en grande partie quatre voies de circulation, y compris dans presque la totalité des tunnels d'une longueur inférieure à 1 km.
Les standards des routes nationales ont considérablement évolué ces vingt dernières années, notamment en matière de sécurité et de méthode de construction
Des dépenses n'avaient pas été budgétisées en 1984  : l'augmentation du coût de la vie et le renchérissement, les modifications de projet, les difficultés géologiques et techniques, les mesures environnementales, l'acquisition des terrains ou encore les fouilles archéologiques et paléontologiques.
À noter que l'entretien des routes nationales est aujourd'hui une compétence exclusivement fédérale, ce qui implique que la Confédération en assume désormais la totalité des coûts.