Ce tunnel d’une longueur de 211 m est à cheval sur la frontière cantonale Jura-Berne (100 m environ sur chaque canton).

Il a été excavé du Sud au Nord, par minage à l’explosif au moyen d’une machine de type « Jumbo ».
Les travaux ont démarré en mars 2004. Le percement a eu lieu 5 mois plus tard, le 30 août 2004. Les travaux de gros-œuvre ont pris fin en 2006, de même que l’exécution des deux portails. Les finitions et l’installation des équipements d’exploitation et de sécurité se sont déroulés de 2006 à 2007.
La mise en service de ce tunnel aura lieu à fin 2007.

Les travaux de construction du tunnel de la Roche Saint-Jean ont nécessité la mise en place de mesures se sécurité importantes pour assurer la protection de la route cantonale et de la voie CFF toutes proches contre un risque de chutes de pierres.

L’ensemble des travaux dans ce secteur sont le fruit d’une étroite collaboration entre les cantons deux cantons : le canton de Berne en qualité de maître d’ouvrage pilote, le canton du Jura en qualité de maître d’ouvrage associé.