L'excavation du tunnel du Bois de Montaigre, au Sud de Courtedoux, est exécutée par minage de la roche à raison de deux volées par jour, de 8h à 22h. Pour des raisons techniques et de sécurité, il se peut qu'exceptionnellement un minage intervienne après 22h. La période des travaux de minage durera jusqu'en octobre 2009.

Le tunnel du Bois de Montaigre, situé entre les viaducs du Creugenat et la jonction de Porrentruy Ouest, est constitué de deux tunnels parallèles de 820 et 907 mètres de longueur. Ils sont exécutés en trois phases principales: les terrassements du tronçon en tranchées couvertes (déjà réalisés), l'excavation du tronçon souterrain (en cours) et la construction à ciel ouvert des tranchées couvertes.

L'exécution des travaux souterrains actuellement en cours a débuté en septembre 2008. Elle se déroule par minage de la roche à raison de deux volées de trois mètres par jour dans chaque tube. Les minages s'effectuent entre 8h et 22h. Pour des raisons techniques et des impératifs de sécurité, il se peut qu'exceptionnellement un minage intervienne après 22h. En effet, une volée chargée doit être impérativement tirée avant le départ des ouvriers.

Le massif rencontré, qui se compose de formations calcaires fortement fracturées, est découpé par des failles et comprend plusieurs karsts (cavités). Cette phase délicate nécessite un soutènement par cintres lourds dont la pose engendre une progression moins rapide que prévue et implique le travail en deux équipes afin de respecter le programme général. Le percement de la calotte est pour l'instant attendu dans le courant de l'été 2009. La fin de l'excavation complète devrait intervenir en octobre 2009. Elle sera suivie des différents travaux de bétonnage à l'intérieur du tunnel et de la pose des éléments préfabriqués constituant les galeries techniques.

La troisième phase, qui verra la construction puis le remblayage des tranchées couvertes, sera exécutée à partir d'avril 2009, en parallèle aux travaux d'amémagements intérieurs du tronçon souterrain.

L'achèvement des travaux de génie civil est planifié au deuxième semestre de 2012. Il restera alors à réaliser les portails ouest et les travaux de second oeuvre, les finitions, les revêtements ainsi que la mise en place des installations d'exploitation et de sécurité. Le tunnel du Bois de Montaigre sera ouvert au trafic lors de la mise en service du tronçon Bure - Porrentruy en 2014.